protein-database

2зной

1ответ

Разбор PDB-файла с несколькими структурами в массив

У меня есть файл PDB с несколькими тысячами структур, и я хотел бы сохранить координаты местоположения, например, альфа-углеродов первых десяти структур, в массив numpy. Я могу разобрать PDB-файл с од

python numpy biopython protein-database 2013-06-17

---

2зной

2ответ

Создание случайных последовательностей подмножества из файла fasta

Привет, Perl Мастера в мире. У меня есть еще одна проблема для программирования. Я кодирую программу, которая выбирает случайные последовательности из файла fastom fasta с определенным номером ввода.

regex perl protein-database 2013-03-21

---

1зной

2ответ

Выравнивание последовательности белков от банка данных белка до космического или Uniprot

Я хотел бы сопоставить файлы PDB из банка данных протеина с каноническими последовательностями АА для белка, как показано в Космическом или Uniprot. В частности, мне нужно сделать вывод из файла pdb,

r alignment sequence bioconductor protein-database 2012-05-28

---

1зной

2ответ

Простая библиотека PDB

Я ищу простую библиотеку C++ для извлечения координат атомов из файла pdb. Большинство, с которыми я столкнулся, слишком много делают для моих простых потребностей, делая их излишне сложными.

c++ protein-database 2009-04-11

---

1зной

3ответ

Код OpenGL для визуализации диаграмм лент для белка

Я ищу рендеринга диаграмм лент с использованием OpenGL и C++. Кто-нибудь знает, существует ли какой-либо открытый исходный код для этого, или есть ли хорошие руководства для этого? Если нет, я бы пред

c++ open-source opengl protein-database 2010-05-28

---

1зной

2ответ

Как вывести файл .pdb с помощью скрипта python?

В настоящее время я обрабатываю файл .pdb (protein data bank) в python. Моя конечная цель - превратить скрипт python в файл pdb, чтобы я мог запускать моделирование в VMD или PyMol.Can кто-то, пожалуй

python bioinformatics protein-database pymol 2013-07-22

---