protein-database

0зной

2ответ

извлечение очень похожих белков из баз данных белка

Как я могу получить из базы данных PDB очень похожие структуры? Скажем, 98% или более похожие аналогичные структуры?

2зной

1ответ

Я пытаюсь нарисовать структуру белка из файла pdb с помощью pymol. Однако, когда я пытаюсь запустить скрипт ниже, открывается окно pymol, но оно просто черное. Кроме того, странно, файл pdb выводится

0зной

2ответ

Matlab: запрашивает все координаты азота в файле pdb?

Я пытался извлечь азотные координаты из белка ubiquitin. У меня есть файл 1UBQ.pdb с сайта http://rcsb.org/pdb/home/home.do. Я сделал следующее. pdb1 ='/home/devanandt/Documents/VMD/1UBQ.pdb'; x=pdbr

1зной

2ответ

Как найти центр в структуре. код python

Я начинаю программировать на python. Я работаю над структурными координатами. У меня есть структура pdb из 1000 атомов, которые имеют информацию о координатах xyz. Мое устройство может иметь любую фор

0зной

2ответ

Как извлечь все цепочки из файла PDB?

Я следую этой странице How to extract chains from a PDB file?, но я не могу найти полное решение того, что я хочу. Вот мой вопрос: , не указывая идентификатор цепочки, я хочу извлечь все идентификатор

1зной

1ответ

База данных белка Ncbi, как получить последовательности белка из определенного биопроекта (скрипт python)

Я пытаюсь получить последовательности белков codding из базы данных NCBI из конкретных биопроектов. Это может быть достигнуто каким-то образом с помощью веб-браузера. Например, вы можете найти конкрет