biopython

0зной

1ответ

В настоящее время я работаю над проектом, для которого мне нужно загрузить несколько тысяч цитат из PubMed. Я в настоящее время использую BioPython и написал этот код: from Bio import Entrez from Bio

3зной

1ответ

Python: Как сравнить несколько последовательностей из файла fasta друг с другом?

Я довольно новичок в мире программирования python, и я пытаюсь написать сценарий, который, учитывая файл FASTA, будет сравнивать последовательности друг с другом и оценивать их (если положение нуклеот

1зной

2ответ

Запись в файл gzipped fasta в python 3.5

Я только что перенес все модули в моем инструменте из python 2 в python 3. Я столкнулся с проблемой, которую я просто не мог решить - я не знаю, как писать в файл gzipped fasta , with gzip.open("sampl

3зной

1ответ

Как скачать опубликованные статьи и прочитать их?

У меня возникли проблемы с сохранением опубликованных статей и их прочтением. Я видел на этой странице here, что существуют определенные типы файлов, но никто из них не работал для меня. Я хочу сохран

5зной

1ответ

Проблема с публикацией данных синтаксического анализа из PubMed с Entrez

Я пытаюсь использовать Entrez для импорта данных публикации в базу данных. Поиск часть работает отлично, но когда я пытаюсь разобрать: from Bio import Entrez def create_publication(pmid): hand

0зной

1ответ

Взрыв без создания файла с использованием biopython

У меня есть рабочий код, который выполняет BLAST на сервере ncbi, а затем возвращает последовательности в формате xml. Он работает, но я хочу избежать создания новых файлов и распечатать результаты BL