biopython

2зной

2ответ

Как получить количество несвязанных вставок и пробелов в последовательности в Python?

Я пытаюсь получить количество вставок и зазоров, содержащихся в последовательности последовательностей, относительно ссылки, с которой они были выровнены; поэтому все последовательности имеют одинаков

1зной

2ответ

Как просмотреть переменные внутри функции, когда предупреждение вызывается pdb в python?

Im работает в проблему, где cds_to_protein = str(feature.extract(record).seq.translate(to_stop = True)) отбросит предупреждение Biopython. Поэтому мне нужно посмотреть, какая запись и функция переда

3зной

2ответ

Преобразование dna в массив numpy с использованием biopython

У меня есть несколько последовательностей ДНК, которые были выровнены, и я хотел бы сохранить только базы, которые являются переменными в определенном положении. Это может быть сделано, если мы сначал

1зной

1ответ

biopython тест установка неудачу: ОШИБКА: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online.EntrezOnlineCase)

Я пытаюсь проверить установку biopython на моем Mac и использовать эту команду: $ sudo python3 setup.py test Все это хорошо, кроме этого сообщение об ошибке: ERROR: test_fetch_xml_schemas (test_Entr

0зной

1ответ

Является ли метод index_db из объекта SeqIO в Biopython медленным?

Я получил это: files = glob.glob(str(dir_path) + "*.fa") index = SeqIO.index_db(index_filename, files, "fasta") seq = index[accession] # Slow index.close() return seq и я работаю на больших фа

-5зной

1ответ

Я хочу сортировать данные из pdb-файла в perl или python

Я хочу напечатать последовательность Ribose Puckering. сценария в Perl: open (filehandler, "List_NAD_ID.txt") or die $!; #Input file my @file1=<filehandler>; my $OutputDir = 'C:\Users\resul

1зной

1ответ

Как использовать функцию distancematrix от Biopython?

Я хотел бы рассчитать матрицу расстояний (используя функцию генетического расстояния) в наборе данных, используя http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Cluster.Record-class.html#distancematrix, но я,