biopython

0зной

1ответ

Поиск мотивов с вырожденными позициями

У меня есть 15-мерный нуклеотидный мотив, который использует вырожденные нуклеотидные последовательности. Пример: ATNTTRTCNGGHGCN. Я бы искал набор последовательностей для появления этого мотива. Одна

python sequence bioinformatics biopython 2013-08-29

---

1зной

2ответ

Извлеките кодирующую аминокислоту, когда есть определенная картина в последовательности ДНК

Я хотел бы получить кодирующую аминокислоту, когда в последовательности ДНК имеется определенный рисунок. Например, шаблон может быть: ATAGTA. Таким образом, при наличии: входного файла: >sequence1 A

regex perl bioinformatics biopython bioperl 2013-11-11

---

0зной

1ответ

Как создать GenBank плоский файл

я с трудом создавая GenBank, плоский файл, используя Biopython SeqIO (в чем-то вроде http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP003206) я был в состоянии создать GenBank, делая simple_seq = Seq(row[15],IUP

python bioinformatics biopython 2013-11-12

---

0зной

2ответ

файла не найдена ошибка с помощью питона

я хочу использовать MafftCommandline для выравнивания мои данные, но я получаю следующее сообщение об ошибке: Traceback (most recent call last): File "C:\Users\Rimvis\Desktop\asd\bioinformatika2_Wo

python bioinformatics biopython 2013-11-12

---

-5зной

1ответ

как найти максимальное к-Мер в последовательности

Пример ввода: ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT # это последовательность, в которой мы должны искать 4 # this is the k-mer(integer value) Пример вывода: CATG GCAT Я не понимаю, как это сделать. Пожалуй

python-2.7 bioinformatics biopython 2013-11-13

---

3зной

1ответ

Как читать определенные файлы GEO с помощью Bio.Geo?

Я пытаюсь разобрать ГЭП файл с Bio.Geo согласно учебнику следующим образом: from Bio import Geo handle = open('GSE40603_combined_L1_L2.txt') records = Geo.parse(handle) for record in records:

python parsing bioinformatics biopython 2013-11-13

---

1зной

1ответ

Как получить определенную последовательность белка, используя entrez.efetch?

Я пытаюсь получить последовательность белка из NCBI через номер идентификатора гена (GI), используя функцию Entrez.fetch() Biopython. proteina = Entrez.efetch(db="protein", id= gi, rettype="gb", retmo

xml sequence bioinformatics biopython ncbi 2013-11-14

---

3зной

3ответ

Как загрузить полную последовательность генома в biopython entrez.esearch

Мне нужно загрузить только полные последовательности геномов из NCBI (GenBank (полный) формат). Меня интересует «полная генеама», а не «весь геном». мой сценарий: from Bio import Entrez Entrez.email

python downloading biopython 2013-08-27

---

1зной

4ответ

Проблемы с установкой Biopython: «ImportError: нет модуля с именем bio»

Я пытаюсь установить Python 2.7.5 и последнюю версию Biopython (а также необходимое число NumPy) в Windows 8 x64. Я попытался запустить файлы установщика для всех этих программ, и хотя каждый раз, ког

python biopython 2013-08-27

---