biopython

1зной

3ответ

Я разбираю файлы PDB, и у меня есть список имен цепочек вместе с координатами XYZ в формате (цепочка, [координата]). У меня много координат, но только 3 разных цепочки. Я хотел бы сконденсировать все

2зной

2ответ

Элемент последовательности доступа из записи fasta с использованием Biopython Entrez

У меня есть список идентификаторов refseq (keys_list), которые я использую, чтобы вывести записи последовательности с помощью BioPython Entrez. Я хотел бы получить доступ только к последовательности и

2зной

1ответ

Разбор PDB-файла с несколькими структурами в массив

У меня есть файл PDB с несколькими тысячами структур, и я хотел бы сохранить координаты местоположения, например, альфа-углеродов первых десяти структур, в массив numpy. Я могу разобрать PDB-файл с од

8зной

1ответ

Traceback в алгоритме Смита-Ватмана с штрафом аффинного разрыва

Я пытаюсь реализовать алгоритм Smith-Waterman для локального выравнивания последовательностей с использованием функции аффинного разрыва пробела. Я думаю, что я понимаю, как инициировать и вычислять м

1зной

1ответ

Установка Biopython из академического Enthought Canopy 32bit Windows 7

Когда я пытаюсь использовать диспетчер пакетов Canopy и «подписаться» на Biopython, я прошу его оплатить. Могу ли я использовать диспетчер пакетов без оплаты?

1зной

1ответ

Align и сохранить структуру сегмент только

я пытаюсь выровнять короткий сегмент в структуре А на короткую структуру В. Я попытался следующим "Protein Superposition using Biopython" Но потому, что я хочу только на короткий отрезок от А и сохран

0зной

2ответ

получить оценку выравнивания последовательности, создаваемую эмбосом в biopython

Я пытаюсь получить оценку выравнивания из двух последовательностей, сравниваемую с использованием тиснения в биопитоне. Единственный способ, который я знаю, - получить его из выходного текстового файл