dna-sequence

1зной

1ответ

мне нужно найти шаблон в строке заголовка моего файла и присоединяет следующую строку с Perl

Мой архив мульти-FASTA в этом формате: >miRNA65 dvex2345 CGATGCTAGATGCTATGACAACGATGCCTCG-G >miRNA60 dvex1234 T-TAA-ACTCATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG >miRNA65 dvex2345 T-TAA-ACTTATCATC

regex perl pattern-matching fasta dna-sequence 2012-08-06

---

0зной

3ответ

найти штрих-код ДНК с несоответствиями в последовательности

У меня есть 36-nt, как это: atcttgttcaatggccgatcXXXXgtcgacaatcaa в файле fastq с XXXX - это разные штрих-коды. Я хочу искать штрих-код в файле в точном положении (от 21 до 24) и печатать последователь

python awk sed dna-sequence fastq 2013-04-17

---

0зной

1ответ

ORF и идентификация аминов с использованием метода BioPython translate() - неправильные переводы?

Я пытаюсь научить себя биоинформатике, прибывая на вечеринку с помощью компьютерной науки и высокопроизводительных вычислений. (По сути, я пытаюсь изучить биологию.) Недавно я обнаружил BioPython и до

bioinformatics biopython dna-sequence ncbi 2013-04-29

---

-1зной

2ответ

Повторение функции над множеством элементов в списке

я написал этот код import sys file = open(sys.argv[1], 'r') string = '' for line in file: if line.startswith(">"): pass else: string = string + line.strip() #print (list(stri

python fasta dna-sequence 2013-01-22

---

3зной

1ответ

Сложность вычисления подобия между двумя последовательностями

Какова вычислительная сложность самого известного алгоритма вычисления сходства между двумя последовательностями (как в отношении ДНК или выравнивания белка/приближенного соответствия строк)? Сходство

algorithm complexity-theory bioinformatics dna-sequence 2013-02-09

---

1зной

1ответ

Необходим скрипт или программное обеспечение для удаления неспаренных чтений из парных концевых чтений

Я хочу использовать AMOScmp для анализа световых парных конечных данных. AMOScmp требует того же количества парных файлов для сборки файла .afg. Исходные файлы fq сопряжены. После того, как я передаю

dna-sequence 2012-11-02

---

0зной

1ответ

Python, подсчитывающий нуклеотиды с петлей for

Я пытаюсь взять последовательности ДНК из входного файла и подсчитать количество отдельных C's A и G's, используя цикл для их подсчета, и если есть буква «ATCG» I нужно напечатать "ошибку" Например мо

loops count dna-sequence 2013-04-01

---

1зной

2ответ

Использование grep для поиска файлов последовательности ДНК

Я пытаюсь использовать grep Unix для поиска определенных последовательностей в файлах. Обычно файлы очень большие (~ 1Gb) «A», «T», «C» и «G». Эти файлы также охватывают много, много строк, каждая стр

unix grep line-breaks dna-sequence 2012-09-19

---