bioconductor

2зной

1ответ

Начальный и конечный параметр во времени/окне/ts/seqselect

Я новичок в r, и у меня возникают трудности с пониманием того, как работают начальный и конечный параметры, если они представлены в виде векторов. Рассмотрим код: x <- c(4,6,5,4,6,2,6,7,5,5) seqselec

1зной

2ответ

Как использовать matchpattern(), чтобы найти определенную аминокислоту в файле со многими последовательностями (.fasta) в R

У меня есть файл (mydata.txt), который содержит много exon-последовательностей с форматом fasta. Я хочу найти начало ('atg') и остановить ('taa', 'tga', 'tag') кодоны для каждой последовательности ДНК

1зной

2ответ

Использование sapply агрегировать столбцов, разделенных запятыми значения

дА есть таблица данных такого рода id group startPoints endPoints 1 A 4, 20, 50, 63, 8, 25, 60, 78 1 A 120, 300, 231, 332 1 B 500, 550 1 B 650, 800 700, 820 1 C 830, 900, 950 850, 920

3зной

1ответ

R вызов функции без загрузки пакета

Я хочу использовать функции из пакетов Bioconductor hypergraph и hyperdraw без загрузки пакетов. При запуске примера из hyperdraw виньетки dh1 <- hypergraph::DirectedHyperedge("A", "B", "R1") dh2 <-

1зной

1ответ

применить функцию, чтобы вернуть таблицу данных или преобразовать список непосредственно в data.table

Я хотел бы применить функцию, которая возвращает матрицу для каждой строки большого объекта data.table (исходный файл составляет около 30 ГБ , У меня 80 ГБ RAM), и верните объект data.table. Я бы хоте

2зной

4ответ

Установка Bioconductor без Интернета

Я работаю на станции, где запрещается общение в Интернете. Возможно ли установить Bioconductor с R CMD INSTALL? Этот тип установки не документирован на веб-сайте Bioconductor, и я не нашел никакой инф