bioconductor

2зной

2ответ

Я хотел бы получить межгенные координаты для хромосомы. Я сделал кусок кода, но я новичок в этих пакетах, я не уверен, если я следую за правильную логику здесь: library(IRanges) library(GenomicFeatur

0зной

1ответ

Установка BioConductor в Linux

Я знаю, что это было задано несколько раз, но я не могу найти ответ из ответов здесь, на StackOverflow или на странице установки BioConductor here. Я установил и обновил R до последней версии 3.1.3, к

4зной

1ответ

Избегание копий с использованием сред

В книге расширенного R Hadley есть раздел об использовании сред в качестве «сосуда для больших объектов» (см. Ниже). Я ищу несколько примеров, иллюстрирующих лучшие практики для этого подхода. Я посмо

1зной

1ответ

Уникальные координаты с помощью GenomicRanges

Как я могу найти уникальные (не перекрывающихся геномных координат) путем сравнения двух наборов данных с использованием GenomicRanges? DataSet1 = chr start end CNA 1 170900001 171500001 loss 1 1

1зной

1ответ

R, biocLite, ошибка установки DESeq2

Я пытаюсь установить DESeq2, чтобы провести анализ на пару дней. R и biocLite современны, и я бегу на ошибки разрешения, когда я пытаюсь запустить biocLite("DESeq2") я получаю в основном хорошие соо

1зной

2ответ

Преобразование/преобразование изобилия (OTU) table/data.frame (в файл fasta) в R

Я работаю над большим набором данных на данный момент, и до сих пор я мог решить все свои идеи/проблемы с помощью бесчисленных поисковых запросов Google и долго пробуйте & ошибок сессии очень хорошо.

0зной

1ответ

Как извлечь всю информацию в XLS или текстовый файл

Я хочу, чтобы извлечь всю информацию для данного образца в формате XLS для exmaple library(GEOquery) gpl <- getGEO("GPL16791") data <- [email protected]$sample_id gps <- getGEO(data[1]) str(gps)