bioconductor

1зной

3ответ

Согласование позиций в геномных сегментах

Я хотел бы объединить все строки, которые имеют более чем 0.955 оценки подобия. Столбцы Abo и Bel представляют собой оценку подобия соответственно выше и ниже рядов. В следующем входе df У меня есть 1

1зной

2ответ

Как создать объект Grange для большого набора данных

У меня есть большой набор данных с COLNAMES: "chromosome" "start" "end" "h.gene" "CPCN_LUNG" "NCIH524_LUNG" "SBC5_LUNG" "NCIH446_LUNG" "NCIH196_LUNG" "NCIH209_LUNG" "NCIH1963_LUNG" "NCIH2

5зной

2ответ

Найти перекрывающиеся области и извлечь соответствующее значение

Как вы находите перекрывающиеся координаты и извлекаете соответствующие значения seg.mean для перекрывающейся области? data1 Rl pValue chr start end CNA 2 2.594433 6 129740000 12978000

0зной

1ответ

найти перекрывающиеся геномные координаты в более чем двух наборах данных

Я хочу сравнить и получить перекрывающиеся области в трех разных наборах данных. Сравнение должно также основываться на CNA. data1 chr start end CNA 1 170900001 171500001 loss 1 1

1зной

1ответ

Исключить все строки с JUST конкретными шаблонами в R

Я хотел бы исключить все строки в df, когда у него есть СПЕЦИФИЧЕСКИЕ УСТРОЙСТВА (AA, AB, BB). Мои реальные данные имеют более 20 тыс. Строк и более 2 тыс. Столбцов! Следуйте репрезентативный пример в

1зной

1ответ

p.adjust с n <число тестов

Я хотел бы применить функцию p.adjust в R, где n is < Число p-значений. Реальное число независимых тестов ниже, чем число p-значений, поскольку оно исходит из геномных данных с Desequilibrium Unequili