fastq

0зной

1ответ

ошибка юникода при чтении fastq файлов - питон 3.4.2

Я пытаюсь читать fastq файлы, но я получаю следующее сообщение об ошибке: (ошибка юникода) «unicodeescape» кодек не может декодировать байты в позиции 18 - 19: усеченный \ UXXXXXXXX избежать Я использ

python unicode fastq 2015-05-20

---

3зной

2ответ

Эффективный способ трансляции каждой N-й строки в bash или R

Спасибо, что нашли время, чтобы посмотреть на это. У меня есть файл fastq, и я хочу, чтобы перевести его на взаимодополняющими, но не наоборот дополняют друг друга, что-то вроде этого: @Some header ex

r bash awk fastq 2015-04-08

---

0зной

1ответ

Неожиданное AWK разборе

У меня есть файл, который имеет fastq читает в следующем формате: @SRR1463109.1 HWI-ST740_1:1:1101:1222:2116/1 AAACTAAAATTTTAAAGCATCTGACTGTACTCATGGTGGGTACACGTGACTAGAAATCTATCACACTAACATGAGGGTCAGCTCCACG

awk gawk fastq 2015-04-09

---

0зной

2ответ

Использование python для сравнения различий в строках из входного файла fastq

Я хотел бы отредактировать файл Fastq последовательности и удалить строки, повторяющиеся только в определенных позициях символов. В идеале я бы перебирал каждую строку входного файла и выводил файл, к

python fastq sequencing 2015-06-12

---

1зной

2ответ

Обработка файлов FASTQ на основе длины пары парных разрядов

Следующие файлы представляют собой два сопряжения файла fastq с парным концом, я хочу отделить каждый fastq от их длины. mate1.fq: @SRR127.1 TGGTTATGATGTTTGTGTAGGAATAGAAATTTTGATTAAGATATTAGTGAAATTTGAA

perl bioinformatics bioperl fastq sequencing 2015-05-01

---

1зной

1ответ

Использование Biopython SeqIO.convert по всему каталогу

У меня есть 51 файл с метагеномными данными последовательности, которые я бы хотел преобразовать из fastq в fasta, используя скрипт Biopython в Windows. Модуль SeqIO.convert легко преобразует индивиду

python biopython fastq 2015-06-26

---

0зной

2ответ

Извлечение идентификатора и последовательности из файла FASTQ

Я пытаюсь манипулировать файлом Fastq. Это выглядит следующим образом: @HWUSI-EAS610:1:1:3:1131#0/1 GATGCTAAGCCCCTAAGGTCATAAGACTGNNANGTC + B<ABA<;[email protected][email protected]:[email protected

awk sed text-manipulation fastq 2015-03-20

---