fastq

3зной

2ответ

Многократные прогоны делают его параллельным?

Я написал короткий скрипт python для обработки моих больших файлов fastq размером от 5 Гб до 35 Гб. Я запускаю скрипт на сервере Linux, который имеет много ядер. Скрипт написан не параллельно и занима

parallel-processing operating-system fastq 2012-05-04

---

0зной

1ответ

Biopython - чтение фиксированного количества seq_records за один раз

Я построил код, который извлекает оценки PHRED из файла fastq, помещает их все в один список и затем передает список на другую функцию. Это выглядит примерно так: def PHRED_get(): temp_scores = [

biopython fastq 2012-07-05

---

0зной

2ответ

специальный outfile mysql со строкой вставлен?

У меня есть 3 столбцов в таблице тузд как тот COL1 COL10 COL11 longblob1 longblob10 longblob11 Я хочу выводить все в следующем формате: @COL1 COL10 + COL11 (Это называется файл fastq для Lil»

mysql string text fastq 2012-06-05

---

0зной

1ответ

Найти позиции ALL вхождения шаблона в строку

Я работаю над файлами последовательностей ДНК (файл FASTQ). @ Read1- ХОРОШО NAAAGTGAGATTCGAAATAAATACATCTGTGGCTTCACTTTGAACGGAACGATGTTCTCGTAT + 1D=DDADEHHHHHIGIJJJJGGFGHIHIJJIJJJJJIIIIGG99BDGHHHEGHJ

design-patterns full-text-search fastq 2012-04-17

---

3зной

2ответ

получить содержимое от переменной, чье имя взято из другой переменной

Я выполняю некоторые сценарии оболочки. Я использую эту конструкцию для создания новых переменных: eval ${ARG}_ext=fastq , который работает очень хорошо, потому что тогда я могу использовать эти вно

bash variables eval fastq 2013-04-03

---

0зной

2ответ

Выполнение команды в строке в bash

У меня есть строка, содержащая команду, которую я хочу выполнить в сценарии bash. Как я могу это сделать? Извините за такой базовый вопрос, но я новичок в bash. Это мой код: echo "What is the path to

bash fastq 2012-06-18

---

0зной

1ответ

Picard SamToFastq извлекает только одно прочитанное, а затем выдает ошибку

Я пытаюсь извлечь некоторые файлы FastQ из файлов bam. Пикард может сделать это с помощью SamToFastq, как он говорит в документации для этого инструмента, он принимает либо байт, либо файл sam. Но ког

bioinformatics dna-sequence fastq picard 2012-06-20

---