fastq

1зной

2ответ

Biopython SeqIO: как написать модифицированный заголовок SeqRecord

Мне показалось, что я попытаюсь использовать Biopython для спасения некоторых поврежденных файлов fastq, предоставленных сотрудником. Мне просто нужно изменить строки заголовков (начиная с @), которые

python bioinformatics biopython fastq 2015-01-14

---

1зной

1ответ

Замена шаблона из заголовков файлов Fastq с помощью sed cammand

У меня есть файл fastq, и мне нужно отредактировать его заголовок по мере необходимости троицей. Мои заголовки таковы: @ SRR1561197. 0,1 HWI-ST1379: 100: C29NPACXX: 7: 1101: 2115: 2122 длина = 102 @ S

sed fastq 2015-03-11

---

7зной

4ответ

Как я могу сделать свой скрипт Python быстрее?

Я довольно новичок в Python, и я написал (возможно, очень уродливый) скрипт, который должен случайно выбрать подмножество последовательностей из файла fastq. Fastq-файл хранит информацию в блоках по ч

python performance bioinformatics fastq 2014-12-04

---

1зной

4ответ

Два переменной в одном цикл в Баш

У меня есть каталог и внутри у меня есть два типа файлов: * .sai и * fastq и я Вант использовать как переменную в одной оболочке для цикла: for j in *sai *fastq do bwa samse $j $j > ${j%.sai}.sam

bash shell loops for-loop fastq 2014-12-10

---

0зной

4ответ

Sed печатать между двумя совпадениями и заменять информацией

Я хочу получить идентификатор из строки по нескольким файлам, а затем добавить информацию до и после этого с помощью sed - я не хочу использовать что-либо еще. например Первоначальный вид: 19F_4414_2.

regex bash sed fastq 2014-12-19

---

0зной

1ответ

Ошибка в изменении заголовка fastq и написана обратно с BioPython

Я пытаюсь изменить заголовок fastq с postfix/1 и/2 и записать его как новый fie. Однако, я получил эту ошибку: No suitable quality scores found in letter_annotations of SeqRecord Есть ли способ реши

python bioinformatics biopython fastq 2014-12-22

---