fastq

1зной

4ответ

питон словарь, сделать каждый нечетный номер строки на ключ и даже номер строки в значение из файла

Привет, У меня есть текстовый файл, как это: >NM_145914.2:212 TCTGATGGTAAAAGTCGAGGAGAAAGAAGA >NM_000614.3:1086 ATTCAATTTAAAATCAGACTCTTTAGTTGA >NM_012096.2:2808 CAGTTAAGGTTTCAAATTGTGGCAGGTGGT >NM

python dictionary fasta fastq 2014-01-05

---

1зной

2ответ

заменить любую строку, которая начинается с символа @ с помощью СЭД, AWK, вырезать

это просто, но я надеялся, что для быстрой команды (с помощью СЕПГ вырезать, AWK или что-то в BASH предпочтительно), чтобы сделать это: заменить любую строку, которая начинается с символа @: @<text, o

bash awk sed cut fastq 2013-09-30

---

9зной

2ответ

Как использовать параллельное программирование/многопоточность в моем сценарии bash?

Это мой сценарий: #!/bin/bash #script to loop through directories to merge fastq files sourcedir=/path/to/source destdir=/path/to/dest for f in $sourcedir/* do fbase=$(basename "$f") e

multithreading bash parallel-processing fastq 2013-08-22

---

2зной

2ответ

Объединить файлы в команду Linux

Я только начал учиться использовать командную строку. Надеюсь, это не вопрос свалить. У меня есть следующие файлы в моем каталоге: L001_R1_001.fastq L002_R2_001.fastq L004_R1_001.fastq L005_R2_001.

linux sorting cat fastq 2013-10-15

---

-1зной

3ответ

Bio Perl: код для разделения парных конечных данных?

Я начинаю с биоинформатикой, и я работал над небольшим кодом Bio Perl, чтобы разделить мои данные MiSeq с парным концом (в настоящее время в 1 файл fastq) на 2 файла, каждый файл содержит один конец п

perl bioinformatics bioperl fastq 2013-12-04

---