fastq

2зной

5ответ

Python - Проверка согласованности между двумя огромными текстовыми файлами

Итак, это дало мне тяжелое время! Я работаю с HUGE текстовыми файлами, и огромным я имею в виду 100Gb +. В частности, они находятся в fastq format. Этот формат используется для данных секвенирования Д

python python-2.7 parsing bigdata fastq 2015-11-18

---

0зной

1ответ

BioPython: IOError: [Errno 2] Нет такого файла или каталога

Я пытаюсь преобразовать файл FASTQ (сгенерированный из файла последовательности Illumina Miseq сопряженного генома) в FASTA и в конечном итоге преобразовать его в Genbank с использованием аннотированн

python biopython fasta fastq 2015-11-28

---

0зной

1ответ

Выход FastqGeneralIterator

Я использую FastqGeneralIterator, но обнаруживаю, что он удаляет @ из первой строки файла fastq, а также информацию для третьей строки (она удаляет всю 3-ю строку). Я добавил @ в 1-й строке следующим

biopython fastq 2015-10-13

---

0зной

1ответ

Извлечь последовательность положительных ударов из vcountPattern в R

Я провел небольшую последовательность РНК и попытался проанализировать файл результата fastq. Сначала я импортировал файл fastq в R с использованием пакета ShortRead и преобразуется в DNAstringSet rea

r bioinformatics bioconductor seq fastq 2015-08-25

---

0зной

2ответ

Объединение GNU параллельно с вложенными циклами и множеством переменных

У меня есть n папок в destdir. Каждая папка содержит два файла: * R1.fastq и * R2.fastq. Используя этот скрипт, он выполнит задание (bowtie2) один за другим и выведет {имя подпапки} .sam в destdir. #!

bash loops parallel-processing bioinformatics fastq 2015-10-21

---