phylogeny

1зной

1ответ

Реконструкция филогенетического предка: укажите модель изменения состояния однонаправленного символа [ape] [phytools]

Предположим, у меня есть филогенетическое дерево и некоторые символьные данные для моего дерева. У меня есть один символ, который, как мне известно, является однонаправленным: скорость перехода от 0 д

0зной

2ответ

Карта с категориальными переменными и с филогенетическим деревом в R

:) У меня есть вопрос и ответа не найдено по личным вопросам. Я хотел бы сделать плакат с категориальными переменными (немного похожий на этот: heatmap-like plot, but for categorical variables), и я х

0зной

1ответ

Ссылка на этикетки на филогенетическое дерево с использованием точек и исправить переполненные этикетки с наконечниками

Я пытаюсь произвести реконструкцию предков с использованием пакета ape и phytools в Rstudio. Моя проблема заключается в том, что в моем филогенетическом дереве названия меток/видов названы переполненн

1зной

1ответ

R - Преодоление «Неопределенные Столбцы Selected»

EDIT: Теперь в ответ найти обновленный код ниже: Я использую R перебрать множество филогенетических деревьев на различных наборах данных с различным числом предикторов. В результате я не могу явно опр

-1зной

1ответ

(Обновлено) R: Множественная регрессия ошибки (Отсутствует истина/ложь, где это необходимо)

My R sessionInfo() из неудачных опытов: R version 3.1.2 (2014-10-31) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) locale: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 [2] LC_CTYPE=English_United States

1зной

1ответ

R: Как обновить рамку модели после сокращения формулы модели

Я работаю с филогенетической множественной регрессией с использованием пакета caper в Windows 7 и получаю ошибку несоответствия модели/формулы, когда когда-либо пытаюсь построить график остаточного пл

2зной

2ответ

«переизбыточная» чисто функциональная структура данных дерева

Недавно я приобрел Inferring Phylogenies Джозефом Фелсенштейном, который представляет собой отличную книгу о математических и вычислительных методах для вывода филогенетических деревьев и играл с реал